Nitratos y sulfatos procedentes de la ganadería y la agricultura contaminan 11 ríos y 36 acuíferos de la cuenca y afectan a las tomas de agua de pequeños municipios. Entre las zonas más afectadas se encuentran algunas de elevada riqueza ecológica como el Delta, los Puertos de Beceite y la Laguna de Gallocanta.