Wojciechowski está titulado en derecho y ha tenido varios nombramientos judiciales en Polonia como juez. Se ha presentado ante el Tribunal Supremo y fue nominado como miembro del Consejo Nacional de la Judicatura de Polonia en 1990. También fue Presidente de la Oficina Suprema de Auditoría de Polonia de 1995 a 2001 y fue miembro del Parlamento polaco y vicepresidente del mismo de 2001 a 2004. Es autor de varias publicaciones sobre derecho penal.

Sus pasos en las instituciones comunitarias se iniciaron en 2003, cuando comenzó a acudir como observador antes de la adhesión de Polonia a la UE. Después fue elegido eurodiputado, de 2004 a 2016, como miembro del Grupo Europeo de Conservadores y Reformistas.

Durante su carrera en el Parlamento Europeo, fue Vicepresidente de la Comisión de Agricultura y Desarrollo Rural (AGRI) (2004-2016) y Presidente del Intergrupo sobre Bienestar y Conservación de Animales. Ha tenido intervenciones en debates plenarios sobre la situación en Polonia, la crisis en el sector agrícola, el cultivo de Organismos Modificados Genéticamente y la lucha contra el crimen organizado y la corrupción.

Fue ponente para los informes del Parlamento sobre la protección de los animales durante el transporte y sobre la Estrategia de sanidad animal para la UE (2007-2013). Como ponente alternativo, cubrió dossieres sobre energía renovable, nuevos alimentos, la Estrategia de la UE para la Protección y Bienestar de los Animales 2012-2015, pagos directos y agricultura ecológica.

El próximo 1 de octubre, Januz Wojciechowski comparecerá ante la Comisión de Agricultura y Desarrollo Rural del Parlamento Europeo en audiencia para juzgar su idoneidad para desempeñar el cargo de Comisario en este área.