En las especies ganaderas la eficiencia reproductiva constituye uno de los factores mas importantes que afectan a la productividad de las granjas, siendo los caracteres reproductivos uno de los componentes basicos para la reduccion de costes en la produccion carnica. Por este motivo, la industria ha dedicado grandes esfuerzos en la mejora de estos caracteres mediante el manejo, la nutricion y la genetica. Sin embargo, el progreso alcanzado por los programas de mejora tradicional sobre estos caracteres en la especie porcina ha sido modesto, en parte debido a su baja heredabilidad y a la compleja arquitectura genetica de los mismos. El estudio de los componentes geneticos de la fertilidad y calidad espermatica del verraco despiertan un creciente interes debido al creciente numero de machos que son descartados en los centros de inseminacion artificial debido a rendimientos inaceptables desde el punto de vista comercial, con el consiguiente impacto negativo en la economia de las empresas. El proyecto pigqsem tiene como principal objetivo identificar regiones del genoma y diferencias en el transcriptoma seminal asociadas a los caracteres de calidad y congelabilidad del semen asi como evaluar la existencia de polimorfismos geneticos que puedan ser usados en forma de test de adn en los programas de mejora genetica por la industria. El objetivo general del proyecto es la obtencion de un panel de marcadores de adn que permitan una prediccion precoz de la calidad seminal y la tolerancia a las condiciones de congelacion y descongelacion. Para conseguir este objetivo el proyecto plantea la utilizacion de aproximaciones genomicas de genotipado y secuenciacion masiva. Asi muestras de semen de verracos pertenecientes a dos empresas comerciales, previamente caracterizadas en relacion a sus parametros de calidad y congelabilidad seran genotipadas para mas de 60.000 Marcadores del tipo snp (illumina porcine60snp chip) para la realizacion de un analisis gwas que permita la identificacion de regiones genomicas y marcadores asociados a estos caracteres. Diferencias en la expresion y en la estructura de la cromatina asociadas a caracteres de calidad del semen han sido detectadas en otras especies de mamiferos, por este motivo el proyecto plantea la utilizacion de herramientas de secuenciacion masiva (RNAseq) para comparar los transcriptomas - incluyendo mrnas, mirnas y lncrnas - de muestras extremas para valores de calidad del semen. De forma similar, tambien se pretende determinar si existen diferencias en la estructura de la cromatina del espermatozoide asociadas a estos caracteres. Para ello se realizara la identificacion, mediante chip-seq, de la posicion en el genoma de varias histonas modificadas en muestras de ambos grupos. El objetivo final de pigqsem es la validacion de un panel de snps predictivo para parametros de calidad seminal y tolerancia a la congelabilidad en el ganado porcino. Para ello, seleccionaremos los 64 polimorfismos mas relevantes derivados de los resultados de los estudios de gwas, transcriptomica y cromatina, que seran genotipados en un elevado numero de verracos con registros fenotipicos para congelabilidad y calidad del semen. Se utilizaran animales pertenecientes a diversas poblaciones y razas porcinas. Con estos resultados se pretende conseguir un panel de marcadores significativamente asociados a estos caracteres, que constituyan un test genetico predictivo eficiente para los programas de mejora en el ganado porcino.