Cualquier programa de mejora genética debe tener muy presentes los problemas que presenta el cultivo que se quiere mejorar. Para ello se debe estar muy en contacto con el medio rural, con el fin de conocer estos problemas, se deben conocer los estudios previos relacionados con estos problemas y se debe igualmente conocer la variabilidad que la especie presenta con el fin de poder elegir los materiales iniciales con el fin de plantear los cruzamientos del programa de mejora.

Frente a los problemas de la sequía, la única solución viable es el riego, un recurso no siempre posible en las plantaciones de almendro.

Frente a los problemas de las heladas, las variedades de floración tardía puede reducir significativamente su daño por medio del escape de las mismas, ya que cuanto más tarde en florecer una variedad, tanto mayor será la posibilidad de evitarlas.

Frente a los problemas de la polinización, la plantación de variedades autocompatibles libera al almendro de la necesidad de las abejas para su polinización y de la presencia de condiciones atmosféricas favorables para el vuelo de las mismas.