Las balsas de riego pueden constituir un “amplificador” del problema de mejillón cebra. Por ello es importante planificar tratamientos periódicos. Un tratamiento eficaz y económico es la desecación a aquellas temperaturas por debajo de 7 ºC o por encima de 28ºC a las que el mejillón cebra es mas sensible y se reduce el tiempo para obtener elevados porcentajes de mortandad. La desecación deberá verse complementada por otras técnicas como tratamiento químico que las tomas de salida de balsa y/o ultrasonidos para incrementar su efectividad.